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这期间，阿纳金在绝地委员会和帕尔帕庭之间动荡摇摆，他渐渐察觉了帕尔帕庭可能就是西斯尊主达斯.西迪厄斯的秘密，也在游疑摇摆间将这一情报报告了绝地委员会的温杜大师。却最终在温杜和帕尔帕庭的武力对决中再次摇摆，最终还是背叛了绝地议会，倒向了他的挚友，最高议长帕尔帕庭那边，甚至帮助帕尔帕庭斩杀了温杜大师。阿纳金拜倒在达斯.西迪厄斯脚下，成为西斯尊者的徒弟，赐名达斯.维达！
正担任克隆人大军指挥官在各个星系战争第一线奋战的绝地武士们忽然在同一时间遭到了来自己方部队的清洗杀戮！最高议长帕尔帕庭或者是西斯大帝达斯.西迪厄斯启动了“66号令”判定所有的绝地武士为叛国者，必须立即消灭。所谓66号令，是在卡米诺星生产克隆人士兵时，在生产环节就被物理植入克隆人体内的一枚生物芯片，这枚芯片和其他众多芯片一样被流水线植入克隆人体内，表面上的作用是协助和提升克隆人的平衡能力，但实际作用是让克隆人们能接收超远程指令启动并无条件执行指令命令。除了提供芯片的已故绝地大师西弗.迪亚斯，连生产克隆人的卡米诺人都不知道这个秘密。而这一秘密的源头，正是达斯.西迪厄斯！
因为66号令的突然发动，大批被投入战场的绝地武士被己方军队围歼，本来节节败退的独立邦联叛军得以苟延喘息。他们显然也被这一变故惊呆了，并不敢乘机反攻。整个战争陷入了诡异的停火状态，倒也带来了短暂的和平。
达索米尔星一处秘密基地内，一副光幕正在直播着科洛桑的一场庆典。这是一场盛大而匆忙的庆典，之所以匆忙，一来因为银河共和国和分离势力的战争还在对峙，二来因为银河议会宣布绝地圣殿背叛了共和国，虽然在银河议会的领导下迅速扑灭了绝地武士的叛乱但共和国损失重大，所以这场庆典十分简朴；之所以说盛大，因为这场庆典本身注定会被载入史册，在这场庆典之前，统治这片宇宙的是银河共和国，它的最高权力机构是银河议会，而在这场庆典之后，统治这片宇宙的不再是一个繁冗的议事决策机构，而是一个具体的人，最高议长，不，是皇帝陛下帕尔帕庭！银河共和国将改成——银河第一帝国！
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