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水师总署，负责管理大明水师；
船政总署，负责管理大明造船事务；
粮饷营房总署，负责后勤保障；
督练清军总署，负责核实军籍、训练监察等事务；
参谋军务总署，负责为皇帝提供参谋业务，制定作战计划、方略等，还有官军各部的调度等；
军器装备总署，负责检查军器监所生产的军器质量，制定军器换装、配发规划，向军器监提供反馈，更新军器装备等；
屯政军储总署，负责管理卫所官军的军屯、籽粒和军储事宜，与兵部、司农院共同处理军储问题；
测绘舆图总署，负责舆图、海图等的测绘、更新的事务；
卫尉寺，负责军法审判等职能；
军学总署，负责管理大明的各级军事学校。
这样一来，军机处的职权也就非常之重了，对于大明官军来说，军机处基本上可以说负责所有的军令事务，对于官军的指挥作战和训练监察都是有很大的职权，而和内阁一样，军机处一样实施多人领导，朱载坖下旨，以李成梁、俞咨皋为领班军机大臣，申时行、王锡爵、罗万化、梁梦龙、徐渭、方逢时、张元功、马栋、谭国佐、李和等为军机大臣，同时从各部院和军中抽调精干官员，充任军机参赞，和内阁一样，军机处有官无吏，所以事务都是有军机大臣和军机参赞办理，防止泄密。
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