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每个都督府都有左、右都督（正一品）、都督同知（从一品）和都督佥事（正二品）。其下属机构包括经历司，有经历和都事等办公人员。
都督府的主要职责是管理军队事务，各自领导其下辖的都司和卫所，并负责向兵部汇报工作。
所有武职，无论是世袭官、流官还是土官的袭替、优养、优给等事宜，都是由所属的都督府上报给兵部，再由兵部进行选拔。选拔完成后，再由都督府下发到都司和卫所。但各都司及卫所的主官选拔则又是由吏部来负责的。
都督府还负责武官的诰敕、俸粮、水陆步骑操练、官舍旗役以及试军情声息、军伍勾补、边腹地图、文册、屯种、器械、舟车、薪苇等事务，并与其他相关部门协调处理这些事务。
结果，王承恩在那里讲得口沫横飞，胡文霆却听得差点睡着了，在朱由检很不满的用连声咳嗽来进行提醒之下，胡文霆总算清醒过来，于是尴尬的对王承恩说道：“王公公，您也别费那么劲讲太多了，我一时半会之间也记不住。你直接告诉我，我当上那个什么都督同知之后，有什么我是可以做的，又有什么是我不可以做就行了。”
王承恩在征求了一下朱由检的意见之后，开口对胡文霆说道：“天子亲军二十六卫，在名义上都在后军都督府的管辖范围之内，也就是说公子爷您目前在其中还担任着职位的锦衣卫，以及您新组建的大名亲军卫，都在后军都督府的管辖范围之内。对这些下属部门，您都是有权进行批评指导的。
至于，有什么不可以做的，奴婢还真一时想不起来，嘿嘿，反正有万岁爷在后面为公子您兜底，想来就算您偶尔干点出格的事，也是没多大关系的。
还有都督府那边，公子您如果平时实在忙不过来，可以完全不用理会那边的事，那边也不会真有人来麻烦您的。
总之，万岁爷给公子爷您安排的这个职位，是最适合您目前的情况的，既有了相应级别，又不用管太多的杂事，同时还能兼顾到锦衣卫和大名亲军卫。”
王承恩说到这里之后，朱由检又插了一句嘴：“老师，对我的这个安排还算满意吧，我可是完全按照您的要求来办的，要不您要屈就一下这个都督同知的职位？”
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