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曾经他也考虑过，适当的解散掉这些辽东军，可那些被解散的士兵如果不对其进行任何约束，等他们回到地方可能会成为各地方最不稳定的因素。
只有将他们调入京城进行整编，让兵与将彻底隔离开，换上一些敢战之将，稍加整训之后，辽东军或许还能成为对付蒙古的一把利器。
将新军与辽东军进行调换，朱由校也是冒了一定风险的。要知道这新军可是他一手组建，吃的喝的用的全都是朱由校的，他们只认皇帝，可以说完全是朱由校的子弟兵。
这一下子将他们全部调往辽东，朱由校就又成了一个光杆司令，到时候他会不会成为又一个万历皇帝呢？
最终，在朱由校的独断专行之下，调令下达了。装备精良的六个师新军加上两千工匠一共五万人马，迈着整齐的步伐开始了他们在辽东的军事生涯。
随着新军浩浩荡荡地离去，朱由校缓缓收回视线，最终将目光定格在了南、北京军身上。只见他的嘴角微微上扬，勾勒出一抹令人不寒而栗的邪恶微笑。
尽管这些年来，朱由校的关注点大多集中于新军，但对于京军的整编工作，他从未有过丝毫懈怠。伴随着南京陪都地位的撤销，原本驻守南京的数万京军中，除了一万多名负责留守海防的部队之外，其余三万实打实的人马全部被调遣入京，与北京的京军顺利完成了合并。至此，一支规模达十三万之众的强大京军应运而生。
然而，这支看似威风凛凛的京军，实则早已成为了勋贵们手中仅存的王牌力量，更是文官集团最为坚实的后盾和依靠。要问其中缘由，那就不得不追溯到那场惊心动魄的土木堡事变。自那次变故以后，尽管这支京军表面上依旧顶着“京军”的名号，但实际上其控制权已然落入了文官集团之手。
于是，在一个阳光明媚却气氛凝重的早朝上，朱由校抛出了一项提议——他准备将京军依照新军模式进行整编。这一提议犹如一颗重磅炸弹投入平静的湖面，瞬间激起千层浪，引发了文官集团激烈的反对声浪，以及勋贵集团微弱的抗议之声。
这些文官们纷纷站出来，言辞犀利地指责这一计划存在诸多弊端和风险。他们引经据典，列举出种种理由来试图说服朱由校放弃这个想法。说来说去，无非表达的就一个意思，皇帝过多的重视刀兵，非国家之福。
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