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天启十四年（1634年）六月末，藏巴汗丹津旺布交出都城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在顾肇迹面前认罪，噶玛政权灭亡。从彭措南杰称“第悉藏巴”到丹津旺布亡国，其国祚仅持续了两代，十六年。
自此，乌斯藏回归中原王朝怀抱。
八月，大明钦差大臣王三善在拉萨布达拉宫，广场上，宣读了大明皇帝的圣旨。
正式确立了格鲁派（黄教）为朝廷唯一承认的正宗藏传佛教教派。
敕封阿旺罗桑嘉措为藏传佛教格鲁派大活佛，为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
敕封罗桑曲结为“班禅”。
两人共同成为为藏区最高宗教领袖。
明朝的这一举措，对时局的影响极其深远。两位活佛的确立，得到了内外蒙古部落的极度认可，使得蒙古人首次在内心中将朱由校尊称为“天启汗”，也更加认可了大明王朝的统治，蒙古人的忠诚度直线上升。
除此之外，明廷废除了乌斯藏都司和朵干都司的世俗政权，宣布在拉萨成立西藏自治领。首任总督为镇远侯顾肇迹，正式开启了汉人政权统治西藏的历史。
在占领日喀则地区之后，明军并未停下脚步，直到天启十六年（1636年）六月，明军占领阿里地区，这才使得西藏二百多万土地全部归入了自治领的管辖之下。
随后，明廷正式开启了在自治领的统治。
首先，将金沙河以东的康区划归了四川省。两省以金沙江为界。随后，以唐古拉山脉为界，以北的划归青海，以南的归属西藏。最后，将原有的十三个万户府，变更为十三个府，并分别任命了各级官员。
在解决了领土问题以及建设地方官府之后，自治领衙门在西藏确立了无上的威望，毕竟七万驻军可不是吃素的。
为了在佛教信徒心目中种下大明王朝为尊的目的，得到朱由校密信的顾肇迹开始在自治领进行了改革。
首先，自然是废除了数千来年的农奴制度，解放了自治领的生产力，此举一出，获得了自治领无数农奴的热烈欢迎，也极大的加强了中央在自治领的声威。
其次，对土地进行了有限改革。
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